Στα Φανά, σε αυτόν τον απάνεμο όρμο με τα γαλαζοπράσινα νερά και την αμμώδη παραλία, βρισκόταν ο ναός του Απόλλωνα. Ο ναός αποτελούσε έναν σημαντικό και διαχρονικό τόπο λατρείας του νησιού που ξεκινά τον 9ο αι. π.Χ. και συνεχίζεται στα αρχαϊκά χρόνια. Τα θεμέλια του ναού του Φαναίου Απόλλωνα είναι σήμερα ορατά δίπλα στο μικρό εκκλησάκι των Αγίων Θεοδώρων, χτισμένο στον ίδιο ακριβώς χώρο. Σε αυτό εδώ το μέρος αποκαλύφθηκε στη Λητώ ο τόπος γέννησης του Απόλλωνα, η Δήλος. Γι’αυτό και ο ναός ήταν αφιερωμένος στον Φαναίο Απόλλωνα και θεωρείται ως το Δήλιον της Χίου. Κατά τους Πρωτοβυζαντινούς χρόνους, το ιερό μετατράπηκε σε χριστιανικό κέντρο. Τα υλικά του αρχαίου ναού χρησιμοποιήθηκαν στις μεταγενέστερες χριστιανικές εκκλησίες, που χτίστηκαν πάνω στα ερείπιά του όπως και το εκκλησάκι των Αγίων Θεοδώρων που σώζεται ως και σήμερα.