Το 1825 ο Ανδρούτσος φυλακίστηκε στον Φράγκικο Πύργο στην Ακρόπολη της Αθήνας. Τον Ιούνιο πρώην σύντροφοί του τον δολοφόνησαν ρίχνοντάς τον στο κενό. Ενταφιάστηκε σε μια γωνιά της Ακρόπολης. Το 1865 η επίσημη πολιτεία αποκατέστησε τη μνήμη του και μετέφερε τα οστά στο Α’ Νεκροταφείο. Το 1967 αποφασίστηκε η αποκομιδή των οστών στην Πρέβεζα. Στα ανατολικά του κάστρου του Αγίου Ανδρέα, είχε σχηματιστεί η πλατεία Ανδρούτσου και στήθηκε ανδριάντας του αγωνιστή, έργο του γλύπτη Νικόλα. Τα οστά τοποθετήθηκαν στη βάση του γλυπτού. Ο ανδριάντας αποδίδει τον Ανδρούτσο σύμφωνα με την απεικόνισή του από το Βαυαρό ζωγράφο Καρλ Κράτσαϊζεν (Karl Krazeisen).