Ο Francesco Castello γεννιέται στις 25 Σεπτεμβρίου του 1599 στο Bissone της Λομβαρδίας. Προερχόμενος από οικογένεια λιθοξόων, στα 9 ή 15 πηγαίνει στο Μιλάνο για να ασχοληθεί με την λάξευση της πέτρας. Το 1621 πηγαίνει στη Ρώμη κρυφά και παίρνει το οικογενειακό όνομα της μητέρας του, Borromini. Αρχικά εργάζεται σαν γλύπτης για το θείο του, Leone Garovo. Αργότερα, ο Carlo Maderno, επίσης συγγενής του, τον παίρνει στο αρχιτεκτονικό εργαστήριο του σαν βοηθό. O Borromini σχεδιάζει ακόμα και στα διαλείμματα και σταδιακά αναλαμβάνει περισσότερες ευθύνες.