Η πορεία θα κάλυπτε 42 χλμ. από τον Τύμβο του Μαραθώνα μέχρι την Ακρόπολη αλλά οι Αρχές ήταν αποφασισμένες να εμποδίσουν τον κόσμο που είχε έρθει στην Αθήνα απ’ όλη την Ελλάδα να λάβει μέρος. Στις 21 Απριλίου 1963, τη μέρα της Πορείας, πάνω από 2000 άτομα συνελήφθησαν και 300 τραυματίστηκαν από τις ενέργειες κρατικών και παρακρατικών παραγόντων. Ο Λαμπράκης είχε βουλευτική ασυλία και έφτασε στον Μαραθώνα, όπου ξεδίπλωσε μαύρο πανό με το σύμβολο του πυρηνικού αφοπλισμού και τη λέξη «Ελλάδα» γραμμένη πάνω του. Με τη συνοδεία τριών αντρών προσπάθησε να βαδίσει στην Αθήνα αλλά συνελήφθη κοντά στη Ραφήνα και ξυλοκοπήθηκε για τρεις ώρες από την αστυνομία.