Ένας προθάλαμος και δώδεκα αίθουσες αφηγούνται σε κάθε επισκέπτη, με ιδιαίτερα γλαφυρό τρόπο, την ιστορία του ιερού της Άλτεως από τα προϊστορικά έως και τα πρώτα χριστιανικά χρόνια. Γλυπτά και χάλκινα εκθέματα, όπλα, ειδώλια, αγγεία, ψηφιδωτά κ.α. πλάθουν καθημερινά στον ορίζοντα της μνήμης το αποτύπωμα ενός από τους πιο σημαντικούς αρχαιολογικούς χώρους της Ελλάδος.