Από την εποχή της ανέγερσής της έως σήμερα έχει υποστεί απανωτές και εκτεταμένες ανακαινίσεις. Διατηρεί ωστόσο κάποια βασικά αρχιτεκτονικά γνωρίσματα, τα οποία υποδηλώνουν το «πάντρεμα» των δύο πολιτισμών, ελληνικού και βενετικού. Όπως και ο Άγιος Μάρκος της Βενετίας, επηρεασμένος από το Βυζάντιο, έτσι και η Καθολική Μητρόπολη της Νάξου φέρει βυζαντινά στοιχεία (π.χ. τρούλους) αλλά και δυτικά στοιχεία γοτθικής αρχιτεκτονικής (π.χ. οξυκόρυφα τόξα) μαζί με αρχαιοελληνικούς ραβδωτούς κίονες, οι οποίοι τοποθετήθηκαν εκεί σε δεύτερη χρήση.