Υπάρχουν δύο διαφορετικές ερμηνείες αναφορικά με την προέλευση του ονόματος της πόλης. Πέρα από «Βόνιτσα» απαντά και η εκδοχή «Βόνδιτζα», που συνδέεται με τη σλαβική λέξη «βόντα» (=νερό). Η δεύτερη ερμηνεία βασίζεται σε επιστολή που είχε στείλει, στις αρχές του 13ου αιώνα, ο μητροπολίτης Ναυπάκτου Ιωάννης Απόκαυκος στον επίσκοπο Βόνιτσας Γεώργιο Βαρδάνη τον Αττικό. Εκεί ο μητροπολίτης υποστηρίζει ότι η τοποθεσία πήρε την ονομασία της από βουλγαρική λέξη που σημαίνει «αγκίστρι». Και στις δύο περιπτώσεις πάντως είναι φανερό ότι οι κάτοικοι της περιοχής είχαν αναγνωρίσει τη σημασία του υδάτινου στοιχείου για την ευημερία της κοινότητάς τους.