Στα οθωμανικά χρόνια το εσωτερικό του κάστρου ήταν γεμάτο κτίσματα, ελάχιστα όμως διασώζονται σήμερα. Το μεγαλύτερο και πιο εντυπωσιακό είναι οι ερειπωμένοι στρατώνες στην κορυφή του λόφου. Εδώ υπήρχε μία εκκλησία, που ήταν ήδη κατεστραμμένη στις αρχές του 19ου αιώνα, όταν ο Άγγλος περιηγητής Ουίλιαμ Μάρτιν Ληκ επισκέφτηκε τη Βόνιτσα. Οι Οθωμανοί φαίνεται ότι επέκτειναν και μετέτρεψαν την ερειπωμένη εκκλησία σε στρατώνα. Κατασκεύασαν επίσης ακόμα ένα τείχος, δύο ή τρία μέτρα ψηλό, που μάλλον λειτουργούσε ως πλατφόρμα για πυροβολικό που έλεγχε όλο το κάστρο. Η ακρόπολη οχυρώθηκε από τον Αλή Πασά το 1806, όταν κατέλαβε τη Βόνιτσα.