Τα τείχη της Λιμναίας ήταν καλοχτισμένα. Η εξωτερική τους όψη είναι φροντισμένη και σκαλισμένη με προσοχή και μεράκι, ώστε οι λίθοι να είναι απολύτως παραλληλόγραμμοι και λείοι. Η εσωτερική όψη είναι λιγότερο επιμελημένη και λαξευμένη. Το κενό ανάμεσα στους λίθους των δύο όψεων είχε συμπληρωθεί με πέτρες και χώματα. Στο ανατολικό τείχος (στα δεξιά αυτού που κοιτάει προς τη θάλασσα) διασώζεται και μία πυλίδα με ανώφλι σε σχήμα αψίδας. Από αυτήν ίσως να μπαινόβγαιναν οι Μακεδόνες που έμειναν να φρουρούν την πόλη και τον πολεμικό εξοπλισμό του Φιλίππου Ε’, όταν εκείνος εκστράτευσε βιαστικά εναντίον του Θέρμου, που ήταν η σημαντικότερη πόλη της αρχαίας Αιτωλίας.