Το τέλος του Αλή Πασά, που τόλμησε να αψηφίσει το σουλτάνο, γίνεται τέλος εποχής και για το Σεράι. Το λαμπερό παλάτι γίνεται Οθωμανικό Διοικητήριο. Όταν το 1870 καταστρέφεται από πυρκαγιά, στη θέση του χτίζεται το Στρατιωτικό Νοσοκομείο, κατεδαφίζεται όμως κι αυτό και ανεγείρεται, το 1958, το Βασιλικό Περίπτερο. Εδώ, στο ισόγειο, φιλοξενούνται σήμερα τοιχογραφίες, εικόνες και κειμήλια βυζαντινά και μεταβυζαντινά, χρονολογούμενα από τον 4ο ως τον 19ο αιώνα.