Η πόλη της Δωδώνης επιβίωσε μετά το κλείσιμο του μαντείου. Τον 5ο αιώνα οι χριστιανοί κάτοικοι χρησιμοποίησαν οικοδομικό υλικό από τους παλιούς ναούς για να χτίσουν μία τρίκλιτη βασιλική δίπλα στον ναό της Διώνης και πάνω στο ναό του Ηρακλή. Ο τοπικός επίσκοπος ήταν αρκετά σημαντικός, ώστε να λάβει μέρος στις συνόδους της Εφέσου (431 μ.Χ.) και της Χαλκηδόνας (451 μ.Χ.). Όσο για τα σύμβολα της παλιάς θρησκείας, το άγαλμα του Δία αφαιρέθηκε από τον Μεγάλο Κωνσταντίνο για να διακοσμήσει το βουλευτήριο της Κωνσταντινούπολης, ενώ η ιερή δρυς είχε ήδη κοπεί και ξεριζωθεί από έναν Ιλλυριό (περιοχή στα δυτικά Βαλκάνια). Τον 6ο αιώνα σεισμοί και πόλεμοι ολοκλήρωσαν την καταστροφή της Δωδώνης.